1998

Em 1998 o Ministério da Justiça publica a Portaria nº 820, de 11/12, que declarou como de posse permanente indígena a Terra Indígena Raposa Serra do Sol, com superfície aproximada de 1.678.800 ha e perímetro de 1.000 km.
A partir de então a Funai e o Incra iniciaram o levantamento das benfeitorias realizadas pelos ocupantes região.

1999

A homologação da Raposa Serra do Sol passou a ser alvo de contestação judicial entre o estado de Roraima e a União. O Ministério Público Federal pediu ao Supremo Tribunal Federal (STF) que se declarasse competente para julgar as ações de fazendeiros locais contra a portaria 820/98, que declarava a posse definitiva da reserva aos índios.

2005

O presidente Luiz Inácio Lula da Silva assinou decreto que homologa de forma contínua a terra indígena Raposa Serra do Sol, em Roraima. O reconhecimento desta terra foi uma reivindicação histórica dos índios da região – etnias Macuxi, Wapixana, Ingarikó, Taurepang e Patamona. No mês de abril, o STF extinguiu todas as ações que contestavam a demarcação das terras da reserva indígena Raposa Serra do Sol. Um dos principais opositores à demarcação, Paulo César Quartieiro, é condenado a 12 meses de prisão por agredir um oficial de Justiça encarregado de citá-lo em processo de desocupação de área indígena.

2006

O Supremo Tribunal Federal manteve, por unanimidade, decreto sobre a demarcação da reserva Indígena Raposa Serra do Sol.

2007

Junho - O STF determinou a desocupação da reserva indígena Raposa Serra do Sol por parte dos não-índios.

Setembro - Líderes indígenas da reserva Raposa Serra do Sol e representantes do governo federal assinaram carta-compromisso para evitar conflitos na região. No documento, os representantes indígenas das cinco etnias que vivem na reserva afirmaram que não querem mais se envolver nos conflitos pela retirada dos não-índios que ainda permanecem no local. No final do ano, os rizicultores pediram  ao MJ que esperasse a colheita da safra do arroz para deixarem a terra indígena. No entanto, após a safra os arrozeiros não se retiraram, mas fizeram uma nova plantação. Foram negadas duas liminares que pediam a suspensão da portaria que demarca terra indígena

O Incra começou o reassentamento dos não-índios da reserva. O órgão pretende reassentar 180 famílias, das quais 130 requerem lotes de 100 a 500 hectares e as outras 50 reivindicam parcelas de até 100 hectares (famílias com perfil de beneficiários do programa de reforma agrária). Para atendê-las, o Incra trabalha na identificação e parcelamento de três áreas: na zona rural de Boa Vista e nos municípios de Bonfim e Amajari. As três faixas de terra somam 33 mil hectares.

2008

Março - Tendo em vista a escalada de violência entre indígenas e não-indígenas no interior região de Raposa Serra do Sol, o procurador-geral da República, Antonio Fernando Souza, encaminhou recomendação ao presidente da República e ao ministro da Justiça para que promovam a imediata retirada dos ocupantes não-indígenas da área homologada. A recomendação foi enviada a pedido do Ministério Público Federal em Roraima.

Abril - O STF suspende qualquer operação para retirar os não-índios da reserva indígena Raposa Serra do Sol, impedindo que a Polícia Federal (PF) dê continuidade à Operação Upakaton 3. A decisão foi unânime e vale até que a Corte julgue o mérito das ações principais que versem sobre a demarcação da reserva indígena. O Supremo determina que a Polícia Federal e Força Nacional de Segurança permaneçam no local a fim de garantir a segurança da população e a ordem pública na região.

Maio - Um grupo de índios que montavam barracas na fazenda Depósito, de propriedade do prefeito de Pacaraima, Paulo Cesar Quartieiro, foi atacado e ferido por funcionários da propriedade. A Polícia Federal prendeu Quartieiro e mais sete empregados de sua fazenda por formação de quadrilha e porte ilegal de armas.  A Polícia Federal e a Força Nacional de Segurança Pública iniciam operações de apreensão de armas ilegais na reserva.